Bowtie 2-NUMA:具有NUMA體系結(jié)構(gòu)適應(yīng)性的基因序列比對應(yīng)用

摘要： Bowtie 2作為生物信息領(lǐng)域使用最廣泛的二代測序軟件之一,具有計算密集的特點。如何根據(jù)多核平臺的體系結(jié)構(gòu)進行適應(yīng)性優(yōu)化以提高并行效率,成為亟待解決的問題。首先分析了非一致性訪存架構(gòu)的多樣性,以及Bowtie 2在多種非一致性訪存架構(gòu)下內(nèi)存訪問擁塞和最后一級緩存命中率低的結(jié)構(gòu)性瓶頸。然后,基于Bowtie 2在不同非一致性訪存平臺的表現(xiàn)特點,在復(fù)制索引、內(nèi)存分配以及數(shù)據(jù)劃分3... （共11頁）